Durch die lange Bezirksgrenze zwischen Treptow und Neukölln, die mehr als ein Drittel der 43,1 km innerstädtischer Grenze ausmachte, und dem historisch entstandenen großen Anteil an Mitgliedern aus Neukölln, wirkte sich der Mauerbau auf die Kleingartenanlagen im grenznahen Raum besonders katastrophal aus. Schlagartig konnten fast die Hälfte der Gärten nicht mehr bewirtschaftet werden. Familien- und Freundschaftsbande, die in den Kleingartenanlagen besonders eng waren, wurden zerrissen. Außerdem mussten wegen der Grenzsicherungsanlagen viele Gärten geräumt werden. Ganze Anlagen, oder auch Teile davon, wurden beseitigt oder zum Sperrgebiet erklärt. Der Zutritt war jetzt nur mit einem besonderen Passierschein möglich.

Ein Besuch der Parzellen im Grenzschutzstreifen war nahezu unmöglich, da Passierscheine nur in begründeten Ausnahmefällen ausgestellt wurden. Auf den Parzellen mussten alle Gerätschaften, die zum Überwinden der Mauer dienen konnten, insbesondere Leitern, eingeschlossen werden.

Etwas positives hatte die Mauer: wegen der allgegenwärtigen Polizei und der Grenztruppen gab es fast keine Diebstähle und Laubeneinbrüche.

Viele Parzellen verwaisten, da die Pächter plötzlich hinter der Mauer lebten und keinen Zutritt zu ihren Gärten mehr hatten. Diese sogenannten Westparzellen mussten vor der willkürlichen Nutzung durch Fremde gesichert werden. Dazu wurden mit interessierten Bürgern sogenannte Pflegeverträge abgeschlossen. Nachdem immer klarer wurde, dass die Abriegelung der Grenze länger andauern würde, wurden die Pflegeverträge nach ca. zwei Jahren in Nutzungsverträge umgewandelt.

Da viele der westberliner Mitglieder aktiv in den Kleingartenanlagen mitgewirkt hatten, musste auch das Leben in der Sparte neu organisiert werden.

Der Teilung der Stadt durch eine Mauer im Jahre 1961 war in Berlin die organisatorische Spaltung des Zentralverbandes der Kleingärtner, Siedler und bodennutzenden Grundbesitzer e.V. am 3. Dezember 1948 voraus gegangen. Als Folge dieser Spaltung wurden im Westteil der Stadt der Landesverband Berlin der Gartenfreunde e.V. und im Ostteil der Stadt die Organisation der Kleingärtner, Siedler und Kleintierzüchter gebildet, in der der Kreisvorstand Treptow Mitglied wurde.