Nachdem mit den Bombenangriffen der Krieg auch nach Treptow und Johannisthal gekommen war, wurden die Lebensbedingungen immer schwieriger. Vor allem der Flugplatz und das Wasserwerk Johannisthal, aber auch die Rüstungsbetriebe in Treptow wurden Ziel der Bomber. Ab Februar 1945 gab es auch in Treptow Daueralarm, den die Gartenbewohner überwiegend in den errichteten Splittergräben verbrachten.

Durch die Bombenangriffe wurden in Treptow zahlreiche Wohnungen zerstört und wurden unbewohnbar. Infolge der zunehmenden Wohnungsnot stieg der Anteil der Dauerbewohner in den Kleingartenanlagen enorm an. In einigen Anlagen dienten mehr als die Hälfte der Parzellen als ständiger Wohnsitz der ausgebombten Bürger.

Zur Verbesserung der Nahrungsmittelversorgung wurde ab Oktober 1945 zusätzlich Brachland zur zeitweiligen Nutzung an die Bevölkerung übergeben.

Die Gartenvereine wurden im Mai 1947 vom Bezirksvorstand Treptow gemäß Ziffer 5 der Anordnung der Alliierten Kommandantur aufgefordert, beim Bezirksamt die "Zulassung als nichtpolitische Organisation" zu beantragen.

Ab Dezember 1946 wurde das bisher teilweise von Neukölln verwaltete Späthsfelde wieder von Treptow verwaltet. Infolge dieser Veränderung wurden die Vereine an der Britzer Allee im April 1947 vom Bezirksverband Berliner Süden aufgefordert, sich wieder in Treptow zu organisieren. Diese organisatorische Veränderung war bereits in der Einladung zur 1. Generalversammlung des Bezirksverbandes Berlin - Süden am 3.11.1946 angekündigt und wurde von den Delegierten gemeinsam bestätigt.

Durch die Kriegszerstörungen im gesamten Stadtgebiet wurden viele Lauben nach dem Krieg als Notwohnung, sogenannte Behelfsheime, genutzt. 1954 gab es in Treptow noch 2735 gemeldete Dauerbewohner. Die Lauben entsprachen in der Größe, in der Qualität und in ihrer Ausstattung in der Regel nicht im entferntesten dem heute in fast allen Lauben vorhandenen Niveau.

1960 beginnt ein beispielloses Wiederaufbauprogramm, in dem bis 1970 in Treptow 11.500 Wohnungen in der Wohnungsbauserie Q3A gebaut werden.

An den Schwerpunkten Schmollerplatz, Plänterwald, Heidekampweg und Johannisthal müssen für den Aufbau viele Kleingartenanlagen und Einzelparzellen geräumt werden. Betroffen waren Anlagen wie "Transvaal", "Freie Luft", "Buschkolonie", "Tannenberg", Schulgrundstück" und "Sonnenthal I".

Im Gegenzug werden ab 1982 neue Kleingartenanlagen geschaffen, wie z.B. "Am Buckersberg" und "Am Falkenberg". Auch außerhalb Berlins, in Glasow und Mahlow werden neue Kleingartenanlagen aufgebaut, und zwar "Glasower Damm", "Glasower Graben", "Grashof", "Interflug", "Kiebitzberg I und II" und "Schulstraße".